João Nisa nasceu em Lisboa, onde vive e trabalha.
Concluiu o curso de Cinema da Escola Superior de Teatro e Cinema (Lisboa), e a licenciatura e o mestrado em Ciências da Comunicação da Faculdade de Ciências Sociais e Humanas da Universidade Nova de Lisboa.
Dedicou-se à investigação das relações entre o cinema e a arte contemporânea, tendo escrito ensaios para diversas publicações nacionais e internacionais sobre o trabalho de cineastas e artistas como Jean-Marie Straub e Danièle Huillet, Chantal Akerman, Pedro Costa, Abbas Kiarostami, Yervant Gianikian e Angela Ricci Lucchi, Aleksandr Sokurov, ou João Penalva.
Foi co-responsável pela programação de uma retrospectiva dos filmes de Michael Snow.
Foi professor na Escola Superior de Artes e Design (Caldas da Rainha), onde leccionou, durante cerca de dez anos, disciplinas relacionadas com a história do cinema e com o vídeo e o cinema experimental.
Criou a sociedade João Nisa Produções para o desenvolvimento dos seus projectos.
Realizou o filme Nocturno, uma descrição visual e sonora do espaço abandonado da antiga Feira Popular de Lisboa, exibido em diversos festivais internacionais e programas.
Encontra-se a concluir um conjunto de dois filmes relacionados com o romance L’Image, de Jean de Berg (Catherine Robbe-Grillet).
Tem vindo a desenvolver um trabalho no Aqueduto das Águas Livres, do qual a instalação Primeiras Impressões de uma Paisagem e o filme homónimo que se lhe seguirá constituem o primeiro resultado concreto.

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